Álvarez estuvo implicado en la detención ilegal y en la aplicación de tormentos agravados contra una de las personas que fueron víctimas de la denominada «Contraofensiva Montonera», un episodio de represión ocurrido durante la última dictadura militar en Argentina.

La Sala II de la Cámara Federal de Casación Penal confirmó por unanimidad la condena de diez años de prisión impuesta al excomisario de la Policía Federal Argentina, Roberto Álvarez, en el marco de la causa «Contraofensiva Montonera III».

El fallo, emitido por los jueces Alejandro W. Slokar, Ángela E. Ledesma y Guillermo J. Yacobucci, respaldó la sentencia dictada por el Tribunal Oral en lo Criminal Federal N°4 de San Martín, que encontró a Álvarez culpable de privación ilegítima de la libertad y tormentos agravados contra una de las víctimas de la llamada «Contraofensiva Montonera». Entre las víctimas de estos hechos estuvieron Edith Aixa Bona y su pareja, Gervasio Martín Guadix, quienes en 1979 regresaron del exilio como parte de la acción emprendida por Montoneros.

En marzo de 1980, Edith Aixa Bona fue secuestrada en la Ciudad de Buenos Aires, pocas horas después de la captura de su pareja, y trasladada a un centro clandestino de detención en Campo de Mayo. Posteriormente, fue llevada a la Delegación San Martín de la Policía Federal Argentina, donde permaneció cautiva durante una semana bajo la autoridad del represor Roberto Álvarez, quien era el jefe de la dependencia. Durante ese tiempo, estuvo encadenada a un catre y sin recibir alimentos. Finalmente, fue “legalizada” y enviada a la cárcel de Devoto.